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生物学研究者のプログラミングスレ
- 1 ：2014/02/09 〜 最終レス ：2016/05/29
- かたろう
- 2 ：
- アホか
- 3 ：
- アホや
- 4 ：
- アホじゃない
- 5 ：
- 言語は何が良いの？
java python ruby perlとあるけど
- 6 ：
- C、C+、C++、C# とかは？
- 7 ：
- プログラミング未経験でバイオインフォやってる研究室にいって4年で博士号取れるかな？
- 8 ：
- 何故学部生の内にやっておかなかった？
- 9 ：
- プログラミングなんて覚えてもピペド土方からバイオインフォ土方になるだけだぞ
- 10 ：
- 必要な言語って何？
ruby pythonあたりは必須っぽいが
- 11 ：
- 7だけど学部が生物系だったんだよね
正確には全然できないわけじゃなく、コンソールに出力するオセロくらいは自力で作れるレベル
これじゃ4年で博士号は厳しいかね
- 12 ：
- 博士課程修了は余裕だろ。
だがピペドと同じでそのあとの職がないと思うぞ。
- 13 ：
- 10レスあって、なぜRが出ない？
- 14 ：
- 余裕？まじで？
やりたい研究は、既存のツールを使ってゲノム解析とかじゃなくてゲノム解析のアルゴリズム自体の方なんだけど、ド素人から数年で博士号レベルの論文なんて書けるものなのか？
職かー。それもそうだよな、バイオインフォとか求人少ないもんな。
- 15 ：
- ゼロから博士号か、、、
- 16 ：
- java R python ruby
他には何か使う？
- 17 ：
- ぶっちゃけ博士号なんて名称ほどの価値はそれほど高くないし、
車の運転免許どころかとりあえず研究の真似事くらいなら出来ますといったただの認定書みたいなもんか。
- 18 ：
- しかしアルゴリズムで博士号取ろうと思ったらゼロからでは難しいのでは？
ツール使って微生物のゲノム解析でもやって結果を教授と一緒にもっともらしくまとめる様な研究なら出来ると思うが。
>>16
Perl
- 19 ：
- バイオインフォの世界でアカデミアで活躍できるのは情報系出身者だけなんかな
いよいよピペドの存在価値がなくなってくるなｗ
- 20 ：
- 代わりにIT土方が台頭して来るかもな。
- 21 ：
- cとかcプラは使わないの？
あとruby、python、perlはどれか１つ使えれば良いと思う
3つ使う必要は無いかと
javaは知らん
- 22 ：
- うちではFが推奨されつつある
- 23 ：
- やっぱりアルゴリズム自体の研究は、非情報系かつ趣味レベルのプログラミングしかできない俺にはきついのかな。
まあバイオインフォ系の研究室は拘束が緩いというのはよく聞くので、勉強の時間は確保できるかとは思うんだが
- 24 ：
- 普通の理工系なら、学部2年生ともなれば、
C++＆Python程度できて当たり前なんだけどね。
機械でも材料でも。
>>23
アルゴリズムの研究ができるかどうかと
プログラミングの能力の多寡は
ほぼ関係ないよ。
アルゴリズムで博士取るなら今の時点で
数理がよほど得意でないとな。
例えば、Lagrange乗数が使われる統計分野の解法を
一つ挙げよ、って言われたら、すぐ挙がる？
情報系の人も実はピペド並みに数学物理が不得意だから、
上の質問に答えられない自称アルゴリズム研究者も
多いのだけどね。
- 25 ：
- アルゴリズムの研究は古典的なアルゴリズムを学習せずに自分で書ける人には難しくない
そういったタイプのひとは少なくないんだけども
それを数学的に記述できる根気を併せ持つ人はそんなに多くない
結果としてアルゴリズムの天才は学術ではなく企業に多くいる
学術に多くいるのは数学的に記述できる根気はあるけどアルゴリズムの能力があまりないひとだよ
- 26 ：
- 数理は努力でどうにかなるけどアルゴリズムとかプログラミングは才能だからって話聴いたことある？
- 27 ：
- >>26
逆ならよく聞きますｗ
- 28 ：
- >>24
レスありがとうございます。
＞例えば、Lagrange乗数が使われる統計分野の解法を
一つ挙げよ、って言われたら、すぐ挙がる？
さっぱりです。数学は学部1年でやった微積すら忘れているレベルです。
ネットで公開されてるバイオインフォ関連のアルゴリズム研究を題材にした博士論文をいくつか見てみたのですが、
本当に数式だらけなんですね。数年以内に自分がそのレベルに達するのは絶望的だと分かりました。
そこで疑問に思ったのですが、理数、情報系のバックグラウンドが無い生物系出身者が
バイオインフォ関係の研究で博士を取ろうと思った場合、
やはり>>18に書いてあるような研究をするのが主流なのでしょうか？
自分はROSALINDというTopCoderのバイオインフォマティクス版のサイト（オンラインのプログラミングコンテストです）
をやっていて、自分で作ったプログラムでゲノム情報を解析していく面白さに目覚め、この分野で博士号をとれたらなぁと思ったわけですが。
なんかスレを私物化してしまっているようで申し訳ない。
- 29 ：
- 生態系シミュレーションやってんだけどどこか企業とか需要ないかな、、、
- 30 ：
- 小売や外食とかはどうですか？
介護もいいですね
- 31 ：
- ROSALINDおもろいよね。英語むずいけど
- 32 ：
- 結局やる必要あるのはpythonとruby
javaくらいだと思う
cとかはいらない
- 33 ：
- schemeもできた方がいい
- 34 ：
- http://readwrite.jp/archives/2534
こういう記事出てるけどＲ言語は必要なんでしょうか？
- 35 ：
- >>34
すきずき
- 36 ：
- >>34
どちらかできればどっちもできるだろw
- 37 ：
- プログラミング言語なんて何かひとつ身に付ければ十分
あとはちょっとマニュアル読めばいくらでも身に付く
- 38 ：
- >>19
個人的な経験の範囲だと情報出身で入ってきた人間はあまり役に立たない
生命現象そのものに興味が薄いから
データベース構築とかは得意だけどそれじゃPIにはなれないし、どうしてその
アルゴリズムやプログラムが必要なのかが説明できない傾向
学部でプログラミングかじって、修士で頑張ったような人がいいなあ
>>32
それだと遅くてね…
シーケンサーのデータを使うならC++とかもできた方がいい
>>34
自分はPython派だけど言いたいことは分かるが中途半端
グラフ描くためだけにR頑張る人多いけど、同じことをPythonでやるのは
その数倍の苦労がいる
出力がテキストでいいならRよりPython, Ruby, Perlの方が楽
- 39 ：
- ド素人だけどスレ見た感じ
python or ruby Ｃプラ Ｒ
こんくらいかね
- 40 ：
- Rは新しいNGS解析アルゴリズムが出版されるとついでにRのパッケージも
出されることが多いから、やっぱり最低限の使い方は分かっておいた方が
よさそう。
全部自前で作る人なら何でも構わないと思うけど。
- 41 ：
- >>28
>>数学は学部1年でやった微積すら忘れているレベルです。
学問の世界から去ったほうがいい
- 42 ：
- ピペドが絶滅してしまうぞｗ
- 43 ：
- >>41
生物系なんてほとんどそんなレベルだろ。必要な数学(統計とか)だけしかできない博士なんてわんさかいるぞ？
- 44 ：
- 確かに初歩的な微分方程式すら知らない教授準教なんてザラにいるもんな。
- 45 ：
- >>43
生物系やべぇえええwwwwwww
数学使わないとは、たぶん共同幻想の塊の世界だなw
- 46 ：
- 地学系もじゃね？
- 47 ：
- MDで研究してる人とかも、学生時代数学なんて1年か2年で適当に習っただけだろ
- 48 ：
- 地震予測とか天文とかって数式だらけの分野と思うが。
- 49 ：
- おぼかたさんは数学苦手で早稲田にAOで入ったんじゃなかったっけ
- 50 ：
- >>47
物理化学知らないでMDやるなら、薬学で十分だよなあ
でもMD屋って学部生の時は生物学部じゃない気がする
>>48
天文は物理
食えないのに夢があるせいで物理系の一番頭のいいやつが揃ったりする
地学も応力ちゃんと考えるにはまともな数学いるけど
旧帝以上のところじゃないとやらんよね
- 51 ：
- M.D.(正確に使おう
- 52 ：
- 普通にMDで通るだろっていうかピリオド入れるほうが珍しい
- 53 ：
- javaは触れられてないけど使いますか？
- 54 ：
- 数学使えないというか使わないしな
色々と複雑で数式じゃ表せない
- 55 ：
- 複雑過ぎるからと何十年も前から言い訳して
数学から逃げているだけと言われたら反論できないな。
- 56 ：
- >>50
解説しよう。
Molecular Dynamics → MD
Medical Doctor → MD
>>55
複雑過ぎるからという逃げが統計学だったのだが
バイオは統計学さえ言い訳して避けている。
しかも統計といっても、バイオにとっての統計は、検定（笑）
- 57 ：
- >>56
ありがとう。なんか噛み合ってなかった。
>>47では医学部出身の研究者って意味でMD使ってた
- 58 ：
- 言い訳と云うか実際数学でモデル化なんてまだまだ無理じゃない？
良くも悪くもアナログだし
- 59 ：
- 現在の知識でモデル化できる部分を数式に落としこむだけ
複雑だからモデル化しない、じゃただの逃げ
qPCRだってできないよ
>>56
「複雑」の意味が複雑で何言いたいのか分からんわ
- 60 ：
- 分子レベルから個体群レベルまでを包括網羅した進化モデルの理論とか、
生態系の変化の予測とか数式化したものってないのかな？
- 61 ：
- >>59
そのモデル化できる部分が極わずかじゃん
進化論ならいけるだろうけど
- 62 ：
- >>61
わずかだからやるだけ無駄、と考えるか
じゃあまだやれることがたくさんあると意気込むか
前者は研究者には向かないね
- 63 ：
- この分野は21世紀になっても、明治時代の頃から変わらず文字による記述ばかりだな。
- 64 ：
- なんか話がバイオインフォから離れてるぞｗ
所でjavaって使うの？
この分野素人なんだけどプログラミング言語は何が必須？
- 65 ：
- バイオインフォなんて終わった学問の話してとうすんの？
- 66 ：
- その為のスレじゃねーの？
- 67 ：
- 数学と云っても統計以外いらん
- 68 ：
- バイオインフォは学問じゃなくて、2chの祭りみたいなもの。
バイオインフォが何を指しているのか誰も知らない。
そもそも昔から、この分野の人は学問の作り方を知らないんだろうな。
だから胡散臭いキャッチが流れては消えるを繰り返して、
何も建築できない。
- 69 ：
- そして就職もできないよね
- 70 ：
- バイオインフォが、終わっただと..
- 71 ：
- ピペド生物学よりかは将来性あるでしょ
- 72 ：
- 近い将来、発展する見込みはあるの？
- 73 ：
- 発展なんてありえないだろ
うちもすでにグダグダだよ
就職できないからロンダもこない
- 74 ：
- プログラミングできる人材なら欲しいけど
ここの人ら頭でっかちでまともなコードかけないからなぁ
- 75 ：
- >>74
どのぐらい書けて欲しいのよ
- 76 ：
- >>61
進化モデルも結局統計だからな。古いけどUPGMAの論文見たら、モロ統計学の
論文だった。
- 77 ：
- JAVAは必要なのか？
- 78 ：
- javaは社会に必要だが
バイオインフォは不必要
- 79 ：
- >>75
コンパイラのバグみっけて修正するレベル
- 80 ：
- ｼｮﾎﾞｯ・・・・・・・！
- 81 ：
- バイオインフォなんて邪道
生物学徒ならピペットテクニックで勝負
- 82 ：
- >>80
採用
- 83 ：
- javaもできないやつがバイオインフｫに来たって就職できずに撃沈するだけ。
- 84 ：
- むしろJavaしかでかきません
- 85 ：
- Javaはいらないような
- 86 ：
- まぢっすか
- 87 ：
- いらないけど卒業したあとで就職するのに必要だと思う。
まぢで就職ないから使い捨てITドカタだけどね。
- 88 ：
- JavaというのはIT土方をIT土方たらしめるべく
作られた言語で、大学の研究室で使う言語ではない。
- 89 ：
- バイオインフォは実社会からかけ離れた世界だから就職もないし学問としても発展から見離された分野なんだよね
- 90 ：
- プログラミングできるだけピペド系バイオより就職いいじゃん
と思ったけど、冷静に考えたらSEとかってバイオや文系でもなれるんだよな
- 91 ：
- バブってたころのDeNAとかグリーに買われてった子はいたけどな
ああいうところの上流システム作るのは単なる土方仕事じゃないから
>>85
エキソーム解析では定番っすよ、Java
コード書ける必要はないけど
- 92 ：
- >>91
グリーとDeNA結構差がついたな
他に必要な言語は何がありますか？
- 93 ：
- dnaをプログラミングできるようになればええのに
- 94 ：
- 専門の研究分野に最適な言語を自分で作ればいい。
- 95 ：
- お前ら就職できないのになんでバイオインフォなんか行くの？
- 96 ：
- >>95
漢のロマン
- 97 ：
- >>91
エキソーム解析でなんでJavaなん？perlで十分なんだが
- 98 ：
- >>97
GATK, Picardのこと
さすがにPerlでBAMファイルは扱いたくないな
- 99 ：
- Javaはセキュリティに難ありだからな。
- 100 ：
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