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インフルエンザウイルスでは既販薬である M2 阻害剤 やノイラミニダーゼ(NA)阻害剤の耐性株に対するファ ビピラビルの活性が報告されており，
M2 阻害剤や NA 阻害剤の耐性と交差しないことがわかっている12，13，34)。
特 に M2 阻害剤と既販の NA 阻害剤 4 種(オセルタミビ ル，ザナミビル，ペラミビル，ラニナミビル)のすべて に耐性を示した A/Shanghai/1/2013-292K(H7N9)株に 対しても，感受性株と同等な活性を示すことが報告され ている13)。
一方，ファビピラビル本体の耐性化に関して， 多施設および各種培養条件下(感染価，添加濃度，培養 期間など)での耐性獲得試験を実施したが，
これまでファ ビピラビルに対して耐性を示したウイルス株の検出はな い。
加えて，ファビピラビルの臨床試験において治療前 および治療後のウイルス株の感受性を試験したが，臨床 分離株からも耐性を示す株は検出されていない13)。
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