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量子化学の話題はこのスレで MP9
- 1 ：2017/02/23 〜 最終レス ：2020/05/23
- ○ 過去スレ ○
！量子化学の話題はこのスレで！
http://science2.2ch.sc/test/read.cgi/bake/1000923327/
量子化学の話題はこのスレでパート２
http://science2.2ch.sc/test/read.cgi/bake/1069578310/
量子化学の話題はこのスレで MP3
http://science3.2ch.sc/test/read.cgi/bake/1083363576/
量子化学の話題はこのスレで CCSDTQ
http://science4.2ch.sc/test/read.cgi/bake/1104533051/
量子化学の話題はこのスレで MP5
http://science6.2ch.sc/test/read.cgi/bake/1151263236/
量子化学の話題はこのスレで MP6
http://kamome.2ch.sc/test/read.cgi/bake/1251713146/
量子化学の話題はこのスレで MP7
http://kamome.2ch.sc/test/read.cgi/bake/1285869537/
量子化学の話題はこのスレで MP8
http://hanabi.2ch.sc/test/read.cgi/bake/1291730511/
- 2 ：
- 【初歩の初歩】
中田宗隆「量子化学基本の考え方16章」「量子化学2分光学理解のための20章」
【基礎】
マッカーリ・サイモン「物理化学分子論的アプローチ」
【ちょっとだけ発展】
米沢貞次郎ほか「三訂量子化学入門」
藤永茂「入門分子軌道法分子計算を手がける前に」
- 3 ：
- もう少しで二桁スレｷﾀ━━━━ヽ(ﾟ∀ﾟ )ﾉ━━━━!!!!
- 4 ：
- あと６年かかるぞ
- 5 ：
- とりあえず1乙
- 6 ：
- DFTの汎関数に何を求めるか？ミネソタみたいな半経験的汎関数を使うのは抵抗があるな、計算コストが少ないdftの美点を失い、パラメータ漬けの計算になるのなら一層のことpbe0を流行らせたら良いのに
- 7 ：
- 意識高いな、10MeVぐらい
- 8 ：
- http://dx.doi.org/10.1002/jcc.23263
んなやつやな
- 9 ：
- 汎関数、都合がよい結果がでるよう最初から3種くらい見ておきたいがそんな余裕はなく合成屋らしくB3LYPに
- 10 ：
- B3LYPより良いもの作ってからだな
- 11 ：
- 基底関数の比較できるのデータベースてあるのな
知らなかったは
http://pc-chem-basics.blog.jp/archives/474103.html
- 12 ：
- >>11
こういう初歩的なサイトがあるとありがたいね
- 13 ：
- 2017/2/27の記事を2017/2/28にここに貼り付けるなんて、なんて情報収集能力の高い人なんでしょうか
- 14 ：
- ははは
もっと褒めるがいい
- 15 ：
- >>6
まあ使えればなんでもいいんだがな
ただこの系には使えないこの系だとおkみたいなのいちいち確認するのが面倒
で結局真新しい汎関数には下手に手を出せない
- 16 ：
- m06で2倍くらい時間が掛かる、B3LYPと比べ。
- 17 ：
- 150万円程度の中性子線測定器で正常値が0.00μSv/hのはずの中性子線が特定個人の元ではか不明だが測定されてしまう
https://www.youtube.com/watch?v=YAd1yvnUdC4
新幹線の中やその付近でも27万円程度の測定器で正常値が0.058μSv/hのはずのガンマ線が特定個人の元ではか不明だが最大測定値を上回る形で測定されてしまう
https://www.youtube.com/watch?v=2RtIvKyCfU0
ベータ線（ガンマ線）を一つ計測すると、一回"ピィ"と鳴る測定器で正常値が約55カウント/min程度のはずが観測者の自宅では大きくそれを上回ってしまって測定されてしまう
https://www.youtube.com/watch?v=DeyOEu4nocY
- 18 ：
- 今時はブログの新着記事はRSSリーダーで即通知するようにしてるのが普通
- 19 ：
- ミネソタのベンチマーク見ても計算コストの割に真新しさがな…て感じ
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jctc.6b00637
ポストB3LYP て言われても一過性で廃れそう
- 20 ：
- >>11
おおっ。 これはありがたい。
これだから2chも情報源として捨てられない。
- 21 ：
- >>19
見ておく
- 22 ：
- gaussian16でGPU計算試した人おる？
- 23 ：
- >>22
16アプデする価値あんのかね？
アプデで200万もブッ飛ぶし
そんな金持ちはおらん
- 24 ：
- >>23
レスありがとうございます。
g09をお持ちであればあまりメリットはないかもしれませんね。
現在g03Wシングルコア版を使ってますがミネソタ汎関数を導入したいので当初はg09UNIXマルチコア版へのアップデートを予定してました。
g16リリースでGPU演算対応になり、計算機をE5-2699(22コア, 2.2GHz) x2からE5-2650(12コア, 2.2GHz) x2へスペックダウンしてtesla K80 2基を搭載させたものを導入予定です。
納期はまだ先なのですが、ベンチマークデータがどこにも見当たらないので、ここならg16でGPU演算してる人がいるかなと思って質問させてもらいました。
HPCさんがベンチマークしてるみたいなので様子見したいと思います。
- 25 ：
- ブレードサーバ1ノード分と考えれば大したことない
この時代にその程度の予算すらないなら
手仕舞いした方が良いのでは？
Gaussianを使うかどうかは別問題だけど
- 26 ：
- >>24
金持ちだなぁ。M06ならgamessでできるけれどな
- 27 ：
- >>25
手じまいしたいというか、ボスが干渉して思うようにいかない
- 28 ：
- みなさんレスありがとうございます。
gamess、jaguarのサーバーはあるのですが部署が違うので自由に使えないです。
VCD.NMRスペクトル計算が目的なのでgaussianは必須かなと思います。
当面私1人しか使わない予定で予算も限られてしまいます笑
今気がついたのですがHPCさんでcpuのみのベンチマーク結果出てますね。
- 29 ：
- HPCさんっていくつかあるだろ
- 30 ：
- 自分でインストールしたりしないってことなのかな。。。
- 31 ：
- 計算機の値段と速さは比例しないよね。そpcでクラスタリングするのが手間でなければやってみたい
- 32 ：
- HTの効果はあんまりでないね
- 33 ：
- HTで処理能力増えるわけじゃないからな
スレッディングが効率化する可能性があるだけで
多くの場合はHT使わない方が速い
- 34 ：
- htってなんじゃらほい
- 35 ：
- hyper threadingのことだと思う
http://www.intel.co.jp/content/www/jp/ja/architecture-and-technology/hyper-threading/hyper-threading-technology.html
- 36 ：
- PC Clusterならこんなのあるけど
https://sites.google.com/a/case.edu/hpc-upgraded-cluster/home/Software-Guide/gaussian
- 37 ：
- CPUのクロック数が増やせなくなったかコア数を増やすごまかし技術
- 38 ：
- Hyper Threadedてよくて2~3割高速化する程度だろ
全部の計算でhtが有効なわけじゃないしそこまで魅力わないな
- 39 ：
- ht無し4cの新しいi5のpcが4c8tのxeonのwsとそんなに速さが違わなかったりでバカバカしくなった
- 40 ：
- ソースがいじれるならチューニングできるかもしれないがｗ
- 41 ：
- みなさん日本語でおk？
- 42 ：
- Gaussianってソース配ってたよね？
- 43 ：
- HT意味がよくわからんどころか実コアすら
使いきってないこともある。
- 44 ：
- >>42
そうっすね
- 45 ：
- >>40
ソースね
- 46 ：
- >>42
しかし改造はかなりの難易度だす
- 47 ：
- パフォーマンスが出るように書いてあるコードが読みやすいはずがない
むしろ読みやすいコードは遅くて実用にならないと言ってもいいくらい
- 48 ：
- GAMEESの方が少しわいじれるは(白目)
- 49 ：
- >>39
2倍に手分けした分ほどには、HTで元が取れないんだよね。
- 50 ：
- XeonならCPU複数乗っけないと意味ないだろ
- 51 ：
- 何を言いたいのかわからんがXeonもXeon MPシリーズがあるが
- 52 ：
- >>43
ht自体は計算をちょこっとしかアシストしえないのが第一。もう一つはメモリ周りや冷却が追いつかずcpuのブーストが途切れているのかも。
- 53 ：
- レーダー追尾により自然値0.058μSv/hをはるかに上回るガンマー線が27万円程度の測定器で否が応でも計測され続ける
https://www.youtube.com/watch?v=CtiacppR5dk
9:27人工衛星（確実な部分）
https://www.youtube.com/watch?v=-Ls8O7jjK1A
- 54 ：
- hennayagisan1‏@hennayagisan1 4 時間4 時間前
上田泰己氏 理研の税金無駄使い、954万円高級家具カッシーナ・イクスシーの指定購入も大問題 http://1000nichi.blog73.fc2.com/blog-entry-7696.htmlA: [0.090702 sec.]B: [0.094431 sec.]
- 55 ：
- 波動関数って何？
- 56 ：
- カメハメハー
- 57 ：
- GGRKS
- 58 ：
- それをパッと答えられる人などいない
- 59 ：
- だから聞いてんだろう（）
- 60 ：
- GAMESSみたいなフリーのソフトで溶媒和って計算できるの？
- 61 ：
- >>55
電子の情報が入ってる関数
- 62 ：
- >>60
できるよ
- 63 ：
- 【カッシーナ速報】理化学研究所からの開示文書が届きました
https://www.nantoka.com/~kei/diary/?20140530S1
平成２３年０２月２５日入札公告「幹細胞研究開発棟2階交流スペース・ディスカッションルーム２用什器」
リンク先３、４ページ目
物品購入要求
起案年月日 ２０１１年１月１４日
依頼要求元 計算生命科学センター設立準備室 合成生物学研究グループ
納入場所 所在地 神戸 建物 幹細胞研究開発棟
使用者 上田 泰己
件名 幹細胞研究開発棟2階交流スペース及び居室用什器
業者 ２１００４１７ （株） カッシーナ・イクスシー
合計金額 ４，８７２，０００
- 64 ：
- spartanってオモチャ？
- 65 ：
- gamessも速度的には遜色なくなってきてるみたいね。fireflyが使える限りはgamessを使ってなかったけど。意外な本職の人の評でした。gamessのインプットの面倒さ、汎関数、基底関数の少なさが問題ならなければgaussian16を買う必要がないのかな
- 66 ：
- >>64
聞こうと思っていました。かつては良く聞いたけれど、wakoから結構な値段で売られているよね
- 67 ：
- gamessとfireflyは基本同じだけど、gamessはcheck runでエラーが出ていないのに本計算で死ぬようなケースが多いように思う
- 68 ：
- >>64
おもちゃ
買う価値なしとは言わないけどはじめて導入するんだったら
値段も安いし日本のサポートも受けられるしいいのではといった感じ
メール送れば1ヶ月試用できるから試してみたら
反応機構書くように電子の動きを矢印で書けば自動で遷移構造を
表示してくれる機能は面白いと思うよ
- 69 ：
- >>68
ありがとうございます
安いけど安くないからやはり、とりあえず試してからかな
ある程度効果上げられないと買えそうにもないし
- 70 ：
- B3LYPで構造最適化してから、B3LYP-D3で一点エネルギーを出しましたが、思っていたよりも差が小さく出てしまいました。B3LYPで構造最適化した座標で、M06やB97系あるいはmPW1PW91で一点エネルギーを求めて、どれか選んで論文に書けばよろしいのでしょうか？
- 71 ：
- 都合のいい結果だけ選んで論文にしようとでもいうのか
- 72 ：
- まあ、その、何と言いますか。現象と一致するモデルを見つけておきたいということです
- 73 ：
- (･∀･)ｹﾞﾍﾗﾍﾗ
(･∀･)ｹﾞﾍﾗﾍﾗ
ﾜﾛﾀﾖ(･∀･)
- 74 ：
- みんなやってるって思うけれど。お隣りさんも3つくらい試すって言ってました
- 75 ：
- いくつも試す余裕があるのはうらやましいね。いくつもやらずにB2PLYPとか格上ので計算しちゃうのとどっちが良いんだろね
- 76 ：
- 完璧な方法がない以上は複数試すのは不可避
しないのは怠惰
結果の選択と解釈はセンスと倫理の問題
- 77 ：
- ﾌﾟﾚﾐｱ見れない
ﾌﾞﾝﾃﾞｽ見れない
CLEL見れない
代表も見れねえちきしょう
結果知らされて見れねえちきしょうクソったれ同和のクソ野郎地獄へ落ちろ
音楽聞けねえちきしょう
テレビ見れねえちきしょう
オシムは考えて走るサッカー
アンデションズはよく(十分に)考えて(タイミング計って)車のドア閉めて車(バイク)で通る嫌がらせ
同和のクズ共Rクソ共がざまあみろ気違い共
ほれ気違い共もっともっとドア閉めろ通れ
それしか能のない能無し共がざまあみろ地獄に落ちろ。悔しいか、ざまあみろくたばれクソ同和
お前らの恐ろしさをもっと見せてみろ。そんなんじゃなんともねえぞ
袋とじ見たぞ。悔しいか、ざまあみろくたばれクソ同和
生きる権利もねえクズ共が藁地獄へ落ちろ
嫌がらせがエスカレートするのが楽しみでしょうがない。今それだけが楽しみだ。俺の生き甲斐藁。それだけ怒ってるってことだもんな藁
ラブホ行ったのがそんなに悔しいかざまあみろチンカス共が藁。思う存分楽しんでくるぞあばよ
椎名茉莉、知っちゃったよ。ラブホに来なければ知らなかったはずだけどな。サンキューお前ら藁
超美形。嬉しくてたまらん。お前らどうしてくれる？藁ほれ赤字分を取り返すために必死になれ
ピザ食ったぞ。羨ましいだろう？藁ざまあみろ
音楽聞いたぞざまあみろ
非人が美人
お前ら音楽聞かせてくれてサンキュー。それもお前らがドア閉めて通ってくれたおかげだ
テレビも見たぞざまあみろ
同和の悪口書けば書くほどドア閉めるってことは嫌がらせしてるのは同和だって証だ
とにかくドア閉めるクソ同和藁(とにかく明るい安村風)
深谷市東方の西R
- 78 ：
- B3LYPで構造最適化した後、B3LYP-D3でSPEを求めてみたのですが、
分子量が500以上になって大きくなるほど異性体間での
差が大きく見積もられ過ぎているような
気がします。気がする程度なので確証がないので、とりあえず、
MPW1PW91, M06, B3LYP-D3(BJ), CAMB3LYP-D3, wB97X-Dで
SPEを計算してみる予定ですが、構造最適化をやり直すことなく
SPEを求める際の制約はありますか？PBE0-D3//B3LYPとなっちゃうと、
無理やり合うやつを選んだ感がでちゃいますよね、といって、
B2PLYPのようなdouble hybrid GGAは計算機の能力不足で無理そうです。
- 79 ：
- がんがれ
- 80 ：
- 458 名前：名無しゲノムのクローンさん ：2016/12/02(金) 00:50:21.89 ID:+Gd0zSfb6
ぶんなまのツァイスのフォーラムで、
宮脇先生が「CUBICは使えない」って言ってた。
459 名前：名無しゲノムのクローンさん ：2016/12/02(金) 20:11:43.99 ID:dPWJcUWTd
電顕には、って話じゃなかったっけ？
460 名前：名無しゲノムのクローンさん ：2016/12/03(土) 01:13:53.69 ID:/Ed5RTLa6
>>459
「単に透明にして脚光を浴びたいだけ。
論文のデータはバイアスのかかったチャンピオンケース。
蛍光や抗原性は大幅に減弱。
普通は蛍光観察にも免疫染色にも全く使えない。」
って話
- 81 ：
- 日本共産党に一票お願いします
- 82 ：
- ?@hennayagisan1
上田泰己氏 理研の税金無駄使い、954万円高級家具カッシーナ・イクスシーの指定購入も大問題 http://1000nichi.blog73.fc2.com/blog-entry-7696.html
- 83 ：
- gamessが正常に終わるのに自由エネルギーが0になっちゃうのは何がいかんのでしょう？？
- 84 ：
- 使い方かな
- 85 ：
- 計算化学のメインはやっぱ勇気すか？
無機固体は物理科が主体？
- 86 ：
- 勇気を出して飛び込むんだ
- 87 ：
- >>84
よくわからないまま違うpcに入れたら、きちんと自由エネルギーが出ました。意味が分かりません。
- 88 ：
- 名無しゲノムのクローンさん[sage] 2014/03/20(木) 05:59:29.24
>>437
カッシーナはOもSも関係ないな
電話代500万円使い込み
オフィスソフトも使えない
元政治家秘書の嫁に
給与払ってた↑田のことだろ
他の教室は普通の家具だが
自分の部屋だけカッシーナらしい
あり得ないぐらい高額だったうえ
入札逃れのためにわざわざ分割発注したから
経理課でも大問題になったとか
金遣いだけでなく産休許可せず雇い止めして
問題起こしたらしいしでもう利権追放されて
灯台に移ってきたと聞いたが
- 89 ：
- gamessのglobaloptimizationにpm3を使ってもその後のDFT計算では最安定ではなさそうでした。HF/STO3Gならもうちょっとマシになりますでしょうか。
- 90 ：
- WIN-GAMESSでの構造最適化で止まってしまいましたが、
FMAXTが10をちょっと超えただけに見えます。何とか乗り越えさせることは
できませんでしょうか？
OPTIMIZATION ABORTED.
-- GRADIENT OUT OF RANGE
-- MAXIMUM ALLOWED FORCE (FMAXT) = 10.000
EXECUTION OF GAMESS TERMINATED -ABNORMALLY-
- 91 ：
- >>69
前よりなんか割高になってるね
アカデミックでも10万くらいのイメージだったけど
http://www.wavefun.com/japan/products/windows/Spartan14/win_spartan_pricing.html
価格がネックならgamessやfirflyにしておけば
- 92 ：
- >>91
安かったら買ってしまっただろうけど、強気な価格設定のせいでgamessとfireflyを使えるようになったよ。代理店の和光さんもwavefunctionも売る気ないのだろうね
- 93 ：
- spartanって普通に論文とかで出していいものなの？
最近の論文でspartanで計算しましたっていうのを見たことがないんだけど
- 94 ：
- 別に構わないだろ
- 95 ：
- 計算エンジンはQ-Chemだっけ
- 96 ：
- ?@hennayagisan1
上田泰己氏 理研の税金無駄使い、954万円高級家具カッシーナ・イクスシーの指定購入も大問題 http://1000nichi.blog73.fc2.com/blog-entry-7696.html
- 97 ：
- Gaussian16まだ使ってないんだけど
使ってる人いる？
- 98 ：
- >>93
結構いるよ
サイフィンダ〜先輩使えるなら検索してみ
- 99 ：
- >>97
http://www.hpc.co.jp/gaussian.html#modify
真新しいアップデートはなさそうだね
webmoのデモ版でもうすぐ16使えるらしいからそれで少し触って見たい
- 100 ：
- 高杉、買えない！
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